Publicación: Caracterización filogenética de los virus dengue, Chikungunya y Zika circulantes en el departamento de Sucre durante el periodo 2013 – 2015
| dc.contributor.advisor | Blanco Tuirán, Pedro Blanco | spa |
| dc.contributor.author | Camacho Burgos, Erwin Yesid | spa |
| dc.date.accessioned | 2019-11-13T20:53:14Z | spa |
| dc.date.available | 2019-11-13T20:53:14Z | spa |
| dc.date.issued | 2018 | spa |
| dc.description | 165 hojas | spa |
| dc.description.abstract | En el departamento de Sucre, al norte de Colombia, circulan los cuatro serotipos de virus Dengue (DENV1-4), con una tendencia que corresponde con la observada en el resto del país. Adicionalmente, en el año 2014 y 2015 inició la circulación en este departamento de los virus Chikungunya (CHIKV) y Zika (ZIKV), respectivamente. Estos tres virus representan un grave problema de salud pública en esta entidad territorial, por lo que la información obtenida a través del estudio de estos virus a nivel molecular podría exponer información básica relevante no solo para la comunidad científica, sino para las entidades de salud, los cuales podrían comprender de una forma más precisa la dinámica de transmisión de estos virus en el departamento. Por lo anterior, el objetivo del presente trabajo fue caracterizar filogenéticamente los DENV, CHIKV y ZIKV circulantes en el departamento de Sucre durante el lapso 2013 a 2015. Para alcanzar este objetivo, fueron reclutados participantes con síntomas compatibles con cualquiera de estos virus, a quienes además se les recolectó información demográfica y clínica de interés para el estudio. A partir de una muestra de sangre se obtuvo suero sanguíneo con el que se realizó extracción de ARN y aislamiento viral. Luego, se realizó una RT-PCR con la que se buscó detectar el genoma de DENV, CHIKV y ZIKV. Para el caso de DENV y ZIKV fue posible realizar una qRT-PCR. Las amplificaciones positivas fueron preparadas para secuenciación mediante el método de Sanger. Las secuencias obtenidas fueron analizadas para establecer el genotipo viral, así como para realizar estimaciones de tiempos de divergencia que permitieran establecer las relaciones filogenéticas de los virus estudiados. Además del análisis molecular de los virus, se realizó un análisis estadístico para evaluar potenciales asociaciones entre la positividad y las características demográficas y clínicas de la población de estudio. Se recolectaron 368 muestras, de las cuales 115 fueron positivas para DENV; los cuatro serotipos fueron detectados: DENV1 (29.79% - 14/47), DENV2 (12.77% - 6/47), DENV3 (42.55% - 20/47) y DENV4 (14.89% - 7/47). Se incluyeron para el análisis de detección de CHIKV, 154 del total de 368 muestras del estudio, de las cuales 41 resultaron positivas (26.62%). El 70.13% de las muestras positivas, al igual que con la detección de DENV, fueron de participantes que tenían menos de 11 años y entre 26 a 59 años de edad. Sólo 27 muestras fueron analizadas para detección de DENV, CHIKV y ZIKV, todas estas recolectadas en el municipio de Sincelejo. De estas muestras, el 37.04% (10/27) resultaron positivas para ZIKV. El ensayo qRT-PCR permitió detectar niveles de viremia entre 0.99 y 9.13 Log10 equivalentes de genoma/mL de suero sanguíneo en el caso de DENV, y entre 4.489 y 5.839 Log10 equivalentes de genoma/mL para ZIKV. Con los análisis filogenéticos se pudo establecer que DENV1 pertenecía al genotipo V, mientras que DENV3 pertenecían al genotipo III. Por su parte CHIKV perteneció al genotipo Asiático, lo cual corresponde con los reportes que indican que el virus que ingresó a América en 2013 pertenecía a este genotipo. Del mismo modo se encontró que el virus ZIKV circulante en Sincelejo, pertenecía al genotipo Asiático, el mismo que se reportó en Brasil y otros países de América. El estudio estadístico mostró que en los menores de 10 años se presentó un número significativamente mayor de muestras positivas para CHIKV, en comparación a lo detectado en adultos. | spa |
| dc.description.degreelevel | Maestría | spa |
| dc.description.degreename | Magíster en Biología | spa |
| dc.format.mimetype | application/pdf | spa |
| dc.identifier.citation | Camacho Burgos, E.Y(2018) Caracterización filogenética de los virus dengue, Chikungunya y Zika circulantes en el departamento de Sucre durante el periodo 2013 – 2015, Universidad de Sucre, Colombia | spa |
| dc.identifier.uri | https://repositorio.unisucre.edu.co/handle/001/975 | spa |
| dc.language.iso | spa | spa |
| dc.publisher.program | Maestría en Biología | spa |
| dc.relation.references | Acosta, E. G., Kumar, A., & Bartenschlager, R. (2014). Revisiting dengue virus-host cell interaction: new insights into molecular and cellular virology. Adv Virus Res, 88, 1-109. doi: 10.1016/B978-0-12-800098-4.00001-5 | spa |
| dc.relation.references | Afreen, N., Naqvi, I. H., Broor, S., Ahmed, A., & Parveen, S. (2015). Phylogenetic and Molecular Clock Analysis of Dengue Serotype 1 and 3 from New Delhi, India. PLoS One, 10(11), e0141628. doi: 10.1371/journal.pone.0141628 | spa |
| dc.relation.references | Aguilera-Pesantes, D., & Mendez, M. A. (2017). Structure and sequence based functional annotation of Zika virus NS2b protein: Computational insights. Biochem Biophys Res Commun, 492(4), 659-667. doi: 10.1016/j.bbrc.2017.02.035 | spa |
| dc.relation.references | Aliota, M. T., Peinado, S. A., Velez, I. D., & Osorio, J. E. (2016). The wMel strain of Wolbachia Reduces Transmission of Zika virus by Aedes aegypti. Sci Rep, 6, 28792. doi: 10.1038/srep28792 | spa |
| dc.relation.references | Allison, S. L., Schalich, J., Stiasny, K., Mandl, C. W., Kunz, C., & Heinz, F. X. (1995). Oligomeric rearrangement of tick-borne encephalitis virus envelope proteins induced by an acidic pH. J Virol, 69(2), 695-700. | spa |
| dc.rights | Derechos Reservados - Universidad de Sucre | spa |
| dc.rights.accessrights | info:eu-repo/semantics/openAccess | spa |
| dc.rights.creativecommons | Atribución-NoComercial 4.0 Internacional (CC BY-NC 4.0) | spa |
| dc.rights.uri | https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/ | spa |
| dc.subject.proposal | Filogenia del Virus del Dengue | spa |
| dc.subject.proposal | Filogenia del Virus del Chikungunya | spa |
| dc.subject.proposal | Filogenia del Virus del Zika | spa |
| dc.title | Caracterización filogenética de los virus dengue, Chikungunya y Zika circulantes en el departamento de Sucre durante el periodo 2013 – 2015 | spa |
| dc.type | Trabajo de grado - Maestría | spa |
| dc.type.coar | http://purl.org/coar/resource_type/c_bdcc | spa |
| dc.type.content | Text | spa |
| dc.type.driver | info:eu-repo/semantics/masterThesis | spa |
| dc.type.redcol | http://purl.org/coar/resource_type/c_bdcc | spa |
| dc.type.version | info:eu-repo/semantics/updatedVersion | spa |
| dspace.entity.type | Publication | |
| oaire.accessrights | http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 | spa |
| oaire.version | http://purl.org/coar/version/c_dc82b40f9837b551 | spa |
